Qué significan las nuevas variantes de coronavirus para las pruebas

Emily Anthes
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Trabajadores sanitarios procesan muestras de hisopos para pruebas rápidas de antígeno en un sitio de pruebas de COVID-19 en San Francisco, el 2 de marzo de 2021. (Mike Kai Chen/The New York Times)
Trabajadores sanitarios procesan muestras de hisopos para pruebas rápidas de antígeno en un sitio de pruebas de COVID-19 en San Francisco, el 2 de marzo de 2021. (Mike Kai Chen/The New York Times)

In January 2020, just weeks after the first COVID-19 cases emerged in China, the full genome of the new coronavirus was En enero de 2020, apenas semanas después de que aparecieran los primeros casos de COVID-19 en China, se publicó en línea el genoma completo del nuevo coronavirus. Con esta secuencia genómica, los científicos se esforzaron por diseñar una gran variedad de pruebas de diagnóstico para el virus.

Desde entonces, el virus ha mutado y, a medida que el coronavirus evoluciona, lo mismo sucede con el panorama de las pruebas. La aparición de nuevas variantes suscita un gran interés por el desarrollo de pruebas que detecten mutaciones virales específicas, y también despierta preocupación por la precisión de algunas pruebas existentes.

“Con esos diagnósticos de COVID-19, teníamos el tiempo encima, era necesario sacar algo al mercado”, comentó Lorraine Lillis, quien trabaja en el programa científico en PATH, una organización sin fines de lucro que da seguimiento a las pruebas de diagnóstico de esta enfermedad. “Por lo general, los diagnósticos requieren mucho tiempo y suele pasar que los desafiamos con múltiples variantes. Eso estamos haciendo, pero en tiempo real”.

La Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA, por su sigla en inglés) advirtió que las nuevas mutaciones del coronavirus podrían restarle eficacia a algunas pruebas. Y la semana pasada, PATH lanzó dos tableros de control en línea para supervisar cómo ciertas variantes podrían afectar el desempeño de las pruebas de diagnóstico existentes.

Hasta ahora, los científicos han coincidido en que no hay pruebas de que las variantes conocidas que son motivo de preocupación estén haciendo que las pruebas fallen por completo. “Las pruebas actuales funcionan muy muy bien”, afirmó Mara Aspinall, experta en diagnóstico biomédico de la Universidad Estatal de Arizona.

No obstante, los científicos señalan que los fabricantes y reguladores necesitarán estar atentos para asegurarse de que se mantienen al día con un virus que cambia constantemente. Si las variantes comienzan a evadir la detección, eso podría tener consecuencias no solo en ciertos pacientes, que pueden no recibir el tratamiento que necesitan, sino también en la salud pública.

Si una prueba no identifica a una persona infectada con una variante, esa persona podría no darse cuenta de que necesita aislarse. “Y entonces se permite que esa persona no esté en cuarentena, que circule en la comunidad y pueda propagar esa variante a los demás”, comentó Gary Schoolnik, médico y experto en enfermedades infecciosas de la Universidad de Stanford y director médico de Visby Medical, una empresa de diagnósticos que fabrica una prueba de coronavirus. “Y así es como una prueba de diagnóstico, si no identifica variantes, puede de hecho impulsar la propagación de esa variante”.

Muestras de pruebas de coronavirus se cargan en una estación de trabajo en un laboratorio de la Universidad de Duke en Durham, Carolina del Norte, el 3 de febrero de 2021. (Pete Kiehart/The New York Times)
Muestras de pruebas de coronavirus se cargan en una estación de trabajo en un laboratorio de la Universidad de Duke en Durham, Carolina del Norte, el 3 de febrero de 2021. (Pete Kiehart/The New York Times)

El riesgo de falsos negativos

Las pruebas moleculares, como la tan utilizada reacción en cadena de la polimerasa, o PCR, están diseñadas para detectar secuencias específicas del genoma del coronavirus. Si aparecen mutaciones en estas secuencias “objetivo”, es posible que las pruebas ya no puedan detectar el virus y generen falsos negativos.

“Podríamos encontrarnos con una situación en la que suceda que tuvimos mala suerte con el lugar al que dirigimos nuestra prueba y apareciera algo que la hiciera menos eficaz”, afirma Nathan Grubaugh, experto en virus de la Universidad de Yale.

El gen de la proteína de espiga característica del virus, conocido como gen S, ha sido muy propenso a las mutaciones, y las pruebas que detectan este gen pueden pasar por alto ciertas variantes. Por ejemplo, la prueba TaqPath de Thermo Fisher no detecta el gen S mutado de la variante B117, que se identificó por primera vez en el Reino Unido y se está extendiendo con rapidez en Estados Unidos.

Sin embargo, la prueba no depende solo del gen S; tiene tres objetivos y todavía puede dar resultados precisos al detectar otras dos franjas del genoma del coronavirus.

Solo el 1,3 por ciento de las pruebas moleculares tienen como objetivo exclusivo el gen S, según las estimaciones de Rachel West, asociada posdoctoral del Centro de Seguridad Sanitaria de la Universidad Johns Hopkins. El resto tienen como objetivo ya sea regiones más estables del genoma, que es menos probable que muten o tienen múltiples secuencias objetivo, lo que las hace menos susceptibles de fallar. “Es muy poco probable que se presenten mutaciones en todas”, comentó Lillis.

La FDA enlistó cuatro pruebas moleculares “cuyo desempeño podría verse afectado” por las variantes, pero señala que las pruebas deberían seguir funcionando. Tres de las pruebas tienen múltiples objetivos; la cuarta puede ser un poco menos sensible cuando el virus tiene una mutación concreta y está presente en niveles muy bajos (las cuatro pruebas son: Taqpath COVID-19 Combo Kit, Linea COVID-19 Assay Kit, Xpert Xpress y Xpert Omni SARS-CoV-2 y Accula SARS-CoV-2 Test).

“No creemos que esos cuatro ensayos se vean afectados de forma significativa”, afirmó Tim Stenzel, director de la oficina de diagnósticos in vitro y salud radiológica de la FDA. “Hicimos pública esa información sobre todo debido a un exceso de precaución y transparencia“.

La búsqueda de variantes específicas

A medida que las variantes se extienden, los investigadores también trabajan para desarrollar y mejorar las pruebas para detectarlas. Por el momento, la identificación de una variante suele ser un proceso de dos pasos. Primero, se utiliza una prueba estándar de coronavirus, como una prueba PCR, para determinar si el virus está presente. Después, si la prueba resulta positiva, se envía una muestra para su secuenciación genómica.

“Estas dos tareas se realizan actualmente en dos flujos de trabajo distintos”, explica Juan Carlos Izpisua Belmonte, biólogo del desarrollo del Instituto Salk de La Jolla, California. “Esto supone más tiempo, trabajo y recursos”.

Muchos investigadores trabajan ahora en la creación de soluciones integradas; es decir, pruebas que puedan determinar no solo si alguien está infectado por el virus, sino también si puede tener una variante concreta.

Por ejemplo, en un artículo reciente, Izpisua Belmonte y su colega Mo Li, biólogo de células madre de la Universidad Rey Abdalá de Ciencia y Tecnología de Arabia Saudita, describen un nuevo método de análisis que puede identificar mutaciones en hasta cinco regiones diferentes del genoma del coronavirus.

Además, Grubaugh y sus colegas desarrollaron una prueba PCR que puede detectar combinaciones específicas de mutaciones que caracterizan tres variantes preocupantes: B117, B1351, detectada por primera vez en Sudáfrica y P1, encontrada por primera vez en Brasil (el trabajo aún no se publica en una revista científica).

Grubaugh explicó que los investigadores de Brasil, Sudáfrica y otros países ya están utilizando las pruebas para examinar de manera más exhaustiva una montaña de muestras de coronavirus, a fin de identificar las que deben ser prioritarias para la secuenciación genómica completa. “El interés principal de nuestro grupo es mejorar la vigilancia genómica mediante la secuenciación, en especial en zonas con recursos limitados”, comentó Grubaugh. “Si quieres saber si hay variantes en circulación, necesitas una manera de aplicar el triaje”.

This article originally appeared in The New York Times.

© 2021 The New York Times Company