¿Delta u ómicron? Así avanzó la variante del virus de Covid que desencadenó la tercera ola de contagios

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A nivel local, existen dos sistemas no integrados de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en el país, el instituto ANLIS-Malbran y el proyecto PAÍS
A nivel local, existen dos sistemas no integrados de vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en el país, el instituto ANLIS-Malbran y el proyecto PAÍS

La información que proporcionó menos del 1% de los más de 3,7 millones de casos de Covid-19 detectados el año pasado describe cómo la variante delta avanzó a partir de septiembre a la par que la campaña electoral para el recambio legislativo. Un gráfico que elaboró LA NACIÓN muestra cómo ese crecimiento coincide con el repunte abrupto de esta nueva ola, a la que se empezó a subir ómicron en la últimas dos semanas de 2021.

De acuerdo con los informes oficiales de vigilancia del virus que se conocen cada tres o cuatro semanas, esa variante de preocupación era casi tan prevalente a finales de octubre como gamma en las muestras de los casos positivos estudiadas, entre viajeros y personas contagiadas sin antecedente de viaje. Ya para las elecciones legislativas de mediados de noviembre, delta la había desplazado.

En ese momento, con la confianza puesta más en la vacunación que en los cuidados sociales frente a un pronóstico de aumento de casos inminente, se eliminaron aforos, entre otras flexibilizaciones que colaboraron con una falsa sensación de que la pandemia estaba superada. Al mes, la demanda de testeos estalló y se dispararon los contagios en pleno verano con impacto en la fuerza productiva y prestaciones esenciales, como los servicios de salud, que no están atendiendo solamente Covid-19.

“Lo que va a pasar no lo sabe nadie, la preocupación está y nadie subestima la situación”, afirmó la ministra de Salud, Carla Vizzotti, en una entrevista radial justo antes de Navidad, y cuando el reporte diario oficial indicaba menos de 20.000 casos diarios. “De ninguna manera el mensaje es que no pasa nada; el mensaje es que tenemos una herramienta muy concreta, que es la vacunación”, continuó.

Sin respuestas

Más allá de la urgencia por detectar nuevas variantes en el país, conocer casi en tiempo real cuáles están circulando, dónde y con qué impacto ayudaría a la población a reforzar los cuidados. Pero eso no siempre es posible, ni siquiera con un pedido de acceso a la información pública.

De hecho, ante ese requerimiento de precisiones sobre la selección de las muestras y los resultados obtenidos, desde la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos ANLIS-Malbrán, que interviene en la vigilancia del virus SARS-CoV-2, respondieron con las generalidades del protocolo que difundió el Ministerio de Salud de la Nación y no proporcionaron los datos solicitados.

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LA NACIÓN relevó entonces los 16 informes on line de vigilancia genómica que entre mayo y diciembre publicó la cartera sanitaria nacional con el trabajo de ANLIS-Malbrán y la red Proyecto PAIS. Incluyen los resultados de 15.578 muestras estudiadas para la identificación de variantes por secuenciación genómica o PCR-RT específica.

Eso representa un 0,41% de los 3.760.210 casos confirmados durante el año pasado. La selección de qué casos estudiar se organiza, primero, en dos grandes grupos: las personas sin antecedente de viaje (93% del total estudiado) y los viajeros. Luego, se tienen en cuenta otras características de interés en esos individuos, como la aparición de una forma grave e inusitada de la enfermedad, la vacunación o una sospecha de reinfección.

El análisis de esos datos que hizo LN Data permitió construir el gráfico interactivo con la tendencia que siguió la circulación de las nueve variantes identificadas en el país, con poca información aún sobre ómicron dado que las muestras relevadas son hasta el 20 de diciembre, la semana en la que esa variante aumentó su circulación en algunos distritos. Proyecto PAIS anticipó la semana pasada un primer análisis con 122 genomas estudiados de muestras provenientes de San Luis, Córdoba, Santa Fe, ciudad de Buenos Aires, Tierra del Fuego, Provincia de Buenos Aires y Chaco.

“En este momento, la Argentina transita una tercera ola, que, según nuestros resultados, inicialmente se encontró asociada a la variante delta y, más recientemente, al ingreso y la propagación de ómicron –explica el consorcio­–­. Esta nueva ola de infecciones probablemente se deba a causas multifactoriales que incluyen desde la relajación de las medidas de cuidado en la población, el aumento de las reuniones sociales por fin de año y el mayor ingreso de individuos desde el exterior, hasta características intrínsecas de mayor transmisibilidad y probable evasión de la respuesta inmune de la variante ómicron”.

¿Mucho o poco?

En febrero de 2021, la Organización Panamericana de la Salud (OPS) difundió recomendaciones para la selección adecuada de las muestras destinadas a la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 en la red regional de laboratorios, creada en 2020. Cuanto antes se detecte la aparición de una variante en un país, más eficiente será la vigilancia epidemiológica y virológica para la implementación de medidas sanitarias.

Para eso, hay tres criterios de calidad: la cantidad de muestras, el rango temporal y la representatividad. Como parámetro mínimo, se aconseja no secuenciar menos de 50 muestras por mes.

Las guías nacionales a las que se refirió ANLIS-Malbrán solo recomiendan seleccionar “una parte” o “una porción” de las muestras positivas en distintos grupos en un intervalo determinado: viajeros, vacunados, no vacunados o con sospecha de reinfección.

Si hay alta transmisibilidad, como en este momento, o virulencia, se recomienda estudiar el 10% de las muestras positivas. Es decir que con unos 100.000 positivos diarios, la cantidad de muestras a monitorear en cualquier rango temporal que se defina debería superar las más de 15.000 muestras estudiadas durante el año pasado como para poder cumplir con ese criterio.

Metodología: cómo lo hicimos

En primera instancia, se realizó un pedido de acceso a la información pública a Anlis-Malbrán, donde funciona el laboratorio nacional de referencia de Covid-19, para solicitar en formato abierto la cantidad de muestras secuenciadas y su criterio con detalle de fecha, provincia y localidad de residencia, si se trató de un caso grave y sexo.

La respuesta, que lleva la firma de la interventora del organismo, Josefina Campos, fue solamente la transcripción de párrafos con generalidades del protocolo para la vigilancia genómica de las variantes del virus SARS-CoV-2 y un link a los Informes de Vigilancia Genómica que publica ya procesados y en formato PDF el Ministerio de Salud de la Nación.

Ante la imposibilidad de acceder a la información requerida, se decidió relevar los 16 informes oficiales disponibles para 2021. Sus contenidos se estructuraron manualmente en hojas de cálculo para poder hacer su posterior análisis, de acuerdo con el criterio de secuenciación y los detalles de antecedente de vacunación.

Con esos resultados, se construyó un gráfico interactivo para traducir visualmente el curso que sigue el virus en el país.

Con la colaboración de Gabriela Bouret, Florencia Rodríguez Altube y Natalia Louzau

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